A Epagri conta com estrutura de apoio para as ações de aquicultura e pescaeSTRUTURAA Epagri possui escritórios em todos os municípios de Santa Catarina. Além disso, conta com o Centro de Desenvolvimento em Aquicultura e Pesca, localizado em Florianópolis, três estações experimentais em aquicultura, localizadas em Caçador, Itajaí e Camboriú, e um Laboratório de Diagnósticos Aquáticos em Tubarão. Essa estrutura é operada por técnicos altamente capacitados em diferentes áreas e possibilita que a Epagri execute projetos de pesquisa e extensão com grande eficiência.